Question

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Considere a situação na qual o biólogo recebeu os dados brutos de um sequenciamento de nova geração (NGS), proveniente de uma corrida no equipamento NextSeq550 da Illumina, utilizando um kit de metagenômica shotgun. Os arquivos encontrados no servidor estão no formato fastq. Considerando que o objetivo, como bioinformata, é identificar as espécies diferencialmente presentes em amostras de fezes de pacientes oncológicos tratados e não tratados, podemos afirmar que o melhor pipeline, que se encaixa para esse propósito, e que apresenta a sequência de etapas e os pacotes corretos, a serem empregados, é:

Accepted Answer

C) Controle de qualidade (FastQC), Remoção de adaptadores (Trimmomatic), Remoção de contaminantes (Bowtie2), Classificação taxonômica (Kraken2), Abundância diferencial (DESeq2).

Answer

A) Controle de qualidade (Trimmomatic), Classificação taxonômica (Kraken2), Remoção de adaptadores (FastQC), Remoção de contaminantes (Bowtie2), Abundância diferencial (DESeq2).

Answer

B) Abundância diferencial (DESeq2), Remoção de adaptadores (FastQC), Remoção de contaminantes (Bowtie2), Classificação taxonômica (Bowtie2), Controle de qualidade (Kraken2).

Answer

D) Controle de qualidade (FastQC), Remoção de adaptadores (Trimmomatic), Classificação taxonômica (Kraken2), Remoção de contaminantes (Bowtie2), Abundância diferencial (DESeq2).

Answer

E) Controle de qualidade (Kraken2), Remoção de adaptadores (FastQC), Remoção de contaminantes (Bowtie2), Classificação taxonômica (Bowtie2), Abundância diferencial (DESeq2).

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